Navegando pela internet a alguns dias atras, encontrei o programa Virtual Breadboard. Ele é um software livre de prototipagem de circuito que tem o hardware disponíveis e as ferramentas de simulação de software. Ela pode simular vários microcontroladores, incluindo o Arduino e do Selo Parallax Basic.
Ele pode ser baixado no link http://www.virtualbreadboard.com/ onde tem versões para Windows, Mac e Linux.